از این پس جمعیت اسلامی به رهبری برهان‌الدین ربانی راه خود را کاملاً از حزب اسلامی گلبدین حکمتیار و یونس خالص جدا کرد و این سازمان را به‌عنوان مهم‌ترین باشگاه مکتبی و سیاسی تاجیک‌تبارهای افغانستان تبدیل نمود. با وقوع کودتای مارکسیستی در 1978، حزب جمعیت رویکرد جهادی به خود گرفت و با دریافت کمک‌های مالی و تسلیحاتی سخاوتمندانه از کشورهای غربی و عربی به یکی از سازمان‌های مهم مسلح اپوزیسیون تبدیل شد. در دوره چهارده ساله جهاد مقر این سازمان در پیشاور پاکستان قرار داشت؛ اما این حزب جبهه‌های مؤثری در داخل افغانستان علیه حضور نیروهای شوروی و دولت مارکسیستی ایجاد کرده بود که مهم‌ترین آن توسط احمدشاه مسعود اداره می‌شد. پس از سرنگونی رژیم مارکسیستی در 1992 جمعیت اسلامی که دسترسی بهتری به کابل داشت، بلافاصله بخش اعظم این شهر را دراختیار گرفت و دولت اسلامی به رهبری ربانی را برای نزدیک به چهار سال سرپا نگاه داشت. در این سال‌ها افغانستان در گرداب جنگ داخلی میان مجاهدین سابق فرو رفته بود که جمعیت اسلامی یک طرف اصلی آن بود. با روی‌کار آمدن طالبان در 1996، جمعیت اسلامی بار دیگر به‌عنوان حزب اپوزیسیون علم مبارزه علیه طالبان را برافراشت تا اینکه پس از واقعه یازده سپتامبر 2001 و سقوط رژیم طالبان توسط ائتلاف بین‌المللی، رهبران جمعیت اسلامی بار دیگر به کابل بازگشتند. ربانی تحت فشار جامعه بین‌المللی کرسی ریاست‌جمهوری را واگذار کرد و به نمایندگی پارلمان و ریاست شورای عالی صلح قناعت کرد؛ اما او همانند احمدشاه مسعود در یک عملیات پیچیده طالبان در سال1390 کشته شد. مرگ ربانی درحقیقت پایان حاکمیت فرهمندانه او بر سازمانی بود که خود بنا گذاشته بود. در دوران زعامت وی بر جمعیت به‌غیر از احمدشاه مسعود، هیچ‌یک از اعضای شورای مرکزی یارای رقابت با او را نداشت و او همانند پدرخوانده اعضای حزب به‌شمار می‌رفت. 

پس از ربانی مشخص بود که در غیاب احمدشاه مسعود، هیچ عنصر دیگری نمی‌تواند جای ربانی را پر کند. اعضای بلندپایه حزب به‌ویژه قسیم فهیم، یونس قانونی، عبدالله عبدالله، اسماعیل‌خان، و عطامحمد نور هیچ‌کدام از امتیاز خاصی برای رسیدن به رهبری جمعیت برخوردار نبودند. درنتیجه شورای مرکزی با ریش سفیدی اجماع ضعیفی حول زعامت صلاح‌الدین ربانی، فرزند برهان‌الدین به‌وجود آورد و وی را ابتدا به‌عنوان سرپرست و سپس رئیس جمعیت برگزید. اما در همان ابتدا مشخص بود که بی‌تجربگی صلاح‌الدین ازیک‌سو و تبدیل شدن افرادی همانند فهیم، عبدالله، اسماعیل‌خان و نور به‌عنوان جزیره‌های قدرت ازسوی دوم، یکپارچگی این حزب را با تردید مواجه خواهد کرد. با مرگ غیرمترقبه فهیم در سال 1392 یکی از مدعیان از صحنه خارج و موقعیت صلاح‌الدین ربانی تا اندازه‌ای تثبیت شد. معرفی عبدالله به‌عنوان نامزد این حزب برای انتخابات ریاست‌جمهوری سال 2014 توافق مهمی بود که در ظاهر از آرامش درون سازمانی و سرپوش گذاشتن بر اختلافات در جمعیت خبر می‌داد. اما درواقع این آرامش پیش از طوفان بود. طوفان زمانی وزیدن گرفت که جمعیت اسلامی مجبور شد پس از گره خوردن نتیجه انتخابات، به تشکیل دولت وحدت ملی رضایت دهد؛ اما شکاف‌ها در جمعیت زمانی سرباز کرد که حلقه پیرامون محمد اشرف غنی در دو سال نخست حکومت موفق شد کادرهای کلیدی جمعیت را یکی پس از دیگری از کانون‌های اصلی قدرت دور کند و برای ریاست اجرائیه و شخص آقای عبدالله جز نقشی سمبلیک باقی نگذارد. 

تضعیف جایگاه جمعیت در حکومت وحدت ملی موجب شد شکاف‌های رفوشده در درون جمعیت بار دیگر آشکار شود. از این پس، مقامات ارشد این حزب ازیک‌سو عبدالله را تحت فشار قرار می‌دادند که در مصاف با آقای غنی، امتیازات فراوانی را واگذار کرده است و ازسوی‌دیگر صلاح‌الدین ربانی را متهم می‌کردند که با خوابیدن در باد وزارت امور خارجه، از سروسامان دادن به وضعیت پریشان جمعیت اسلامی غافل مانده است. دراین‌میان، عطا محمد نور که جایگاهش به‌عنوان والی ولایت بلخ به خطر افتاده بود، بیشترین انتقادها را حواله آقای عبدالله می‌کرد؛ اما جوابی نمی‌شنید. نهایتاً او با عبور از عبدالله تصمیم گرفت مستقیماً با اشرف غنی وارد مذاکره شده و ماندن در مقامش را حداقل تا پایان عمر حکومت وحدت ملی تضمین کند. از دید آگاهان این امر، شکاف ترمیم‌ناپذیری در جمعیت پدید آورد. عبور آقای نور از عبدالله موجب شد که عبدالله در برکناری او از ولایت بلخ با اشرف غنی همدست شود و در اقدامی غیرمترقبه بر برکناری وی ازسوی آقای غنی صحه بگذارد.

عزل آقای نور از ولایت بلخ، دودستگی عمیقی میان سران جمعیت پدید آورد و شورای رهبری آن را دو شقه کرد. برخواستن صلاح‌الدین ربانی و اسماعیل‌خان در حمایت از آقای نور، موجب شد طیف جوان‌تر و مدرن‌تر این حزب همانند امرالله صالح و ادیب فهیم از آقای عبدالله اعلام حمایت کنند؛ هرچند که آینده جمعیت اسلامی بستگی به عوامل پیدا و پنهان بسیاری دارد، اما شواهد حاکی از آن است که گسل‌های موجود که در گذشته در زیر پوسته جمعیت اسلامی قرار داشت درحال‌حاضر به‌شدت فعال شده و اگر گذشته را معیار قضاوت آینده قرار دهیم باید گفت جمعیت اسلامی آخرین حزبی است که به سرنوشت احزاب بزرگی مانند حزب دموکراتیک خلق، حزب اسلامی و حزب وحدت اسلامی دچار می‌شود. خبرها حاکی از آن است که عده‌ای از پیشکسوتان این حزب برای ترمیم شکاف‌های پدیدآمده و نگاه داشتن ساختار متحد جمعیت دست به‌کار شده‌اند؛ اما باید گفت که در فرهنگ سیاسی شخص‌محور افغانستان، مرگ برهان‌الدین ربانی را باید آغازی بر پایان جمعیت اسلامی یکپارچه ارزیابی کرد.