القاعده پس از 2001 دچار دگرگونی‌های چشمگیری شد. ساختار هرمی آن جای خود را به ساختاری داد که زیرمجموعه‌ها در آن با استقلال عمل فعالیت می‌کردند. این تحول اگرچه تسلط مرکز بر پیرامون را تقلیل داد اما بر گستره و توالیِ عملیات القاعده در کشورهای مختلف خاورمیانه افزود. با اینحال توان عملیاتی کلان القاعده در اثر این دگرگونی تا حدود زیادی تحلیل رفت. القاعده پس از بمب‌گذاری‌های لندن در 2005، تاکنون نتوانسته است عملیات موفقیت آمیزی در کشورهای غربی انجام دهد. افزون بر این، گسترش دامنۀ منطقه ای فعالیت های القاعده به کشته و دستگیر شدن بسیاری از رهبران و کادرهای اصلی آن انجامید. با اینحال تمامی این چالش‌ها مانع تداوم فعالیت القاعده نشد. زیرمجموعه های آن در عراق، یمن، افغانستان، پاکستان، سومالی و دیگر کشورها و مناطق فعال باقی ماندند.

به رغم تداوم فعالیت، القاعده از نیمۀ دهۀ گذشته دچار چالش‌های بزرگی شد که آیندۀ آن را در هاله‌ای از ابهام فرو برد. از مجموع چهار چالش عمدۀ القاعده در این سال‌ها، سه چالش در سال 2011 پیش روی این جنبش قرار گرفت. چهار چالش عمدۀ القاعده در این سال ها به ترتیب اهمیت عبارتند از:

- تنزل جایگاه در جهان اسلام: در نظرسنجی های پس از یازده سپتامبر، القاعده از مقبولیت و محبوبیت قابل توجهی در کشورهای اسلامی برخوردار بود. این جنبش در ذهن بسیاری از مسلمانان متشکل از جهادگرانی بود که پس از آزادسازیِ افغانستان از اشغال ملحدان، مبارزه با ظلم و ستم در ابعاد داخلی (در برابر رژیم¬های فاسد منطقه) و خارجی (در برابر امریکا و غرب) و دفاع از منافع جهان اسلام را سرلوحۀ فعالیت های خود قرار داده¬اند. این نوع نگاه در ابتدا با توجه به گفتمان ظلم‌ستیز و جهادگرایانۀ القاعده چندان غیرمنتظره نمی‌نمود. اما با روشن شدن پیامدهای عملکرد القاعده بر جهان اسلام، به ویژه اشغال افغانستان و عراق و نیز گسترش فعالیت‌هایی که بیش از هر چیز جان و مال مسلمانان و بیگناهان را هدف می‌گرفت، طرفداری از گفتمان القاعده به تدریج رو به کاهش نهاد. به طور مشخص از سالهای 2005 و 2006 محبوبیت القاعده و پشتیبانی از آن در میان مسلمانان رو به تنزل نهاد، به نحوی که در 2010 طرفداری از القاعده نسبت به 2001 به نیم کاهش یافت. تنزل هواداری از القاعده به معنای کاهش حمایت پرسنلی و مالی به ویژه از زیرمجموعه‌های این سازمان می‌باشد. پیامدهای این واقعیت را در عراق، یمن و مغرب شاهد بودیم؛

- بهار عربی: دومین چالش، خیزش‌های فراگیر و مردمیِ 2011 در خاورمیانه می‌باشد. این تحرکات موسوم به «بهار عربی» در سه جهت برای القاعده پیامدهای منفی در بر داشت: نخست آنکه تبلیغات علیه رژیم‌های حاکم که پیشتر یکی از ابزارهای اساسی القاعده برای جلب حمایت و توجیه عملکردش نزد مسلمانان بود، با توجه به حضور گستردۀ مردم در اعتراضات ضدرژیم، کارآیی خود را در جذب نیروهای جوان و پشتیبانی مالی از القاعده در میان شهروندان عرب از دست داد. دوم آنکه تقریباً تمامی نیروهای فعال در زندگی سیاسیِ منطقه – به جز القاعده – در این تحولات حضور داشتند. تصویری که دوری القاعده از جوامع عربی را به خوبی به نمایش گذاشت. سوم آنکه، مردمی بودن تحولات و حاشیه‌ای بودن نقش آمریکا و در واقع غافلگیریِ این کشور از سرعت و گسترۀ تحولات و نیز تضاد آمریکا با برخی از رژیم‌های عرب، امکان بهره‌گیری تبلیغاتی القاعده از حضور امریکا را از بین برد؛

- حذف رهبر کاریزماتیک: مرگ بن لادن بزرگترین چالش القاعده در طول سال‌های فعالیت آن بود. جنبش‌های اسلام‌گرا اغلب بر محور شخصیتی کاریزماتیک و نیرومند به فعالیت می‌پردازند. نگاهی به جنبش‌های اسلام‌گرای قرن بیستم در خاورمیانۀ عربی نشان می‌دهد که حذف رهبریِ کاریزماتیک از صحنه، اغلب به معنای زمینگیر شدن و آغاز زوال چنین جنبش‌هایی بوده است. افزون بر این، شخصیت جذاب و محبوبیت بن لادن در میان اعضای القاعده و توان سخنوریِ وی نقشی اساسی در تحکیم وحدت سازمانیِ القاعده داشته است. مرگ بن لادن علاوه بر حذف چهرۀ کاریزماتیک و وحدتبخشِ القاعده، این جنبش را با چالش جانشینی روبرو کرد؛

- بحران جانشینی: هشت هفته پس از مرگ بن لادن اعلام شد که أیمن الظواهری به جانشینی وی انتخاب شده است. این فاصلۀ زمانی به خوبی گویای اختلافات درونی القاعده بر سر انتخاب جانشین است. حتی اگر این تأخیر را، بنا بر تحلیلی، ناشی از دشواری برگزاری سریع نشست اعضای عالیرتبۀ القاعده برای انتخاب رهبر بدانیم، عدم بیعت زودهنگام زیرمجموعه های القاعده این تحلیل را زیر سوال برد. تنها القاعدۀ عراق تاکنون طی بیانیه‌ای با الظواهری بیعت کرده است. تأخیر در بیعت سایر زیرمجموعه های القاعده، نشان از تأثیر چالش جانشینی بن لادن بر وحدت سازمانی القاعده می باشد. افزون بر فقدان اجماع بر سر الظواهری، وی چهره‌ای کاریزماتیک به حساب نمی‌آید و از شخصیت و قدرت سخنوری بن لادن و اثرگذاری وی در رهبران و کادرهای القاعده برخوردار نیست. از دید برخی وی بیشتر برای مدیریت یک اداره یا شرکت مناسب است تا رهبری یک جنبش جهانی.

مجموعۀ چهار چالش فوق، القاعده را در بستر اصلی و در حال دگرگونی فعالیتش، خاورمیانه، به حاشیه رانده است. مرگ بن لادن بزرگترین ضربه‌ای بود که به القاعده وارد شد. اگرچه الظواهری به عنوان ایدئولوگ القاعده معروف است اما وی به وضوح از صفات لازم برای رهبری جنبشی گسترده همچون القاعده برخوردار نیست. به نظر می رسد سال ٢٠١١ در آینده به عنوان آغازگاهِ زوال القاعده یاد خواهد شد. آغازی که با انتخاب الظواهری و احتمالاً انشعاب برخی از زیرمجموعه های نیرومند القاعده رقم خورد.