القاعده پس از 2001 دچار دگرگوني‌هاي چشمگيري شد. ساختار هرمي آن جاي خود را به ساختاري داد كه زيرمجموعه‌ها در آن با استقلال عمل فعاليت مي‌كردند. اين تحول اگرچه تسلط مركز بر پيرامون را تقليل داد اما بر گستره و تواليِ عمليات القاعده در كشورهاي مختلف خاورميانه افزود. با اينحال توان عملياتي كلان القاعده در اثر اين دگرگوني تا حدود زيادي تحليل رفت. القاعده پس از بمب‌گذاري‌هاي لندن در 2005، تاكنون نتوانسته است عمليات موفقيت آميزي در كشورهاي غربي انجام دهد. افزون بر اين، گسترش دامنۀ منطقه اي فعاليت هاي القاعده به كشته و دستگير شدن بسياري از رهبران و كادرهاي اصلي آن انجاميد. با اينحال تمامي اين چالش‌ها مانع تداوم فعاليت القاعده نشد. زيرمجموعه هاي آن در عراق، يمن، افغانستان، پاكستان، سومالي و ديگر كشورها و مناطق فعال باقي ماندند.

به رغم تداوم فعاليت، القاعده از نيمۀ دهۀ گذشته دچار چالش‌هاي بزرگي شد كه آيندۀ آن را در هاله‌اي از ابهام فرو برد. از مجموع چهار چالش عمدۀ القاعده در اين سال‌ها، سه چالش در سال 2011 پيش روي اين جنبش قرار گرفت. چهار چالش عمدۀ القاعده در اين سال ها به ترتيب اهميت عبارتند از:

- تنزل جايگاه در جهان اسلام: در نظرسنجي هاي پس از يازده سپتامبر، القاعده از مقبوليت و محبوبيت قابل توجهي در كشورهاي اسلامي برخوردار بود. اين جنبش در ذهن بسياري از مسلمانان متشكل از جهادگراني بود كه پس از آزادسازيِ افغانستان از اشغال ملحدان، مبارزه با ظلم و ستم در ابعاد داخلي (در برابر رژيم¬هاي فاسد منطقه) و خارجي (در برابر امريكا و غرب) و دفاع از منافع جهان اسلام را سرلوحۀ فعاليت هاي خود قرار داده¬اند. اين نوع نگاه در ابتدا با توجه به گفتمان ظلم‌ستيز و جهادگرايانۀ القاعده چندان غيرمنتظره نمي‌نمود. اما با روشن شدن پيامدهاي عملكرد القاعده بر جهان اسلام، به ويژه اشغال افغانستان و عراق و نيز گسترش فعاليت‌هايي كه بيش از هر چيز جان و مال مسلمانان و بيگناهان را هدف مي‌گرفت، طرفداري از گفتمان القاعده به تدريج رو به كاهش نهاد. به طور مشخص از سالهاي 2005 و 2006 محبوبيت القاعده و پشتيباني از آن در ميان مسلمانان رو به تنزل نهاد، به نحوي كه در 2010 طرفداري از القاعده نسبت به 2001 به نيم كاهش يافت. تنزل هواداري از القاعده به معناي كاهش حمايت پرسنلي و مالي به ويژه از زيرمجموعه‌هاي اين سازمان مي‌باشد. پيامدهاي اين واقعيت را در عراق، يمن و مغرب شاهد بوديم؛

- بهار عربي: دومين چالش، خيزش‌هاي فراگير و مردميِ 2011 در خاورميانه مي‌باشد. اين تحركات موسوم به «بهار عربي» در سه جهت براي القاعده پيامدهاي منفي در بر داشت: نخست آنكه تبليغات عليه رژيم‌هاي حاكم كه پيشتر يكي از ابزارهاي اساسي القاعده براي جلب حمايت و توجيه عملكردش نزد مسلمانان بود، با توجه به حضور گستردۀ مردم در اعتراضات ضدرژيم، كارآيي خود را در جذب نيروهاي جوان و پشتيباني مالي از القاعده در ميان شهروندان عرب از دست داد. دوم آنكه تقريباً تمامي نيروهاي فعال در زندگي سياسيِ منطقه – به جز القاعده – در اين تحولات حضور داشتند. تصويري كه دوري القاعده از جوامع عربي را به خوبي به نمايش گذاشت. سوم آنكه، مردمي بودن تحولات و حاشيه‌اي بودن نقش آمريكا و در واقع غافلگيريِ اين كشور از سرعت و گسترۀ تحولات و نيز تضاد آمريكا با برخي از رژيم‌هاي عرب، امكان بهره‌گيري تبليغاتي القاعده از حضور امريكا را از بين برد؛

- حذف رهبر كاريزماتيك: مرگ بن لادن بزرگترين چالش القاعده در طول سال‌هاي فعاليت آن بود. جنبش‌هاي اسلام‌گرا اغلب بر محور شخصيتي كاريزماتيك و نيرومند به فعاليت مي‌پردازند. نگاهي به جنبش‌هاي اسلام‌گراي قرن بيستم در خاورميانۀ عربي نشان مي‌دهد كه حذف رهبريِ كاريزماتيك از صحنه، اغلب به معناي زمينگير شدن و آغاز زوال چنين جنبش‌هايي بوده است. افزون بر اين، شخصيت جذاب و محبوبيت بن لادن در ميان اعضاي القاعده و توان سخنوريِ وي نقشي اساسي در تحكيم وحدت سازمانيِ القاعده داشته است. مرگ بن لادن علاوه بر حذف چهرۀ كاريزماتيك و وحدتبخشِ القاعده، اين جنبش را با چالش جانشيني روبرو كرد؛

- بحران جانشيني: هشت هفته پس از مرگ بن لادن اعلام شد كه أيمن الظواهري به جانشيني وي انتخاب شده است. اين فاصلۀ زماني به خوبي گوياي اختلافات دروني القاعده بر سر انتخاب جانشين است. حتي اگر اين تأخير را، بنا بر تحليلي، ناشي از دشواري برگزاري سريع نشست اعضاي عاليرتبۀ القاعده براي انتخاب رهبر بدانيم، عدم بيعت زودهنگام زيرمجموعه هاي القاعده اين تحليل را زير سوال برد. تنها القاعدۀ عراق تاكنون طي بيانيه‌اي با الظواهري بيعت كرده است. تأخير در بيعت ساير زيرمجموعه هاي القاعده، نشان از تأثير چالش جانشيني بن لادن بر وحدت سازماني القاعده مي باشد. افزون بر فقدان اجماع بر سر الظواهري، وي چهره‌اي كاريزماتيك به حساب نمي‌آيد و از شخصيت و قدرت سخنوري بن لادن و اثرگذاري وي در رهبران و كادرهاي القاعده برخوردار نيست. از ديد برخي وي بيشتر براي مديريت يك اداره يا شركت مناسب است تا رهبري يك جنبش جهاني.

مجموعۀ چهار چالش فوق، القاعده را در بستر اصلي و در حال دگرگوني فعاليتش، خاورميانه، به حاشيه رانده است. مرگ بن لادن بزرگترين ضربه‌اي بود كه به القاعده وارد شد. اگرچه الظواهري به عنوان ايدئولوگ القاعده معروف است اما وي به وضوح از صفات لازم براي رهبري جنبشي گسترده همچون القاعده برخوردار نيست. به نظر مي رسد سال ٢٠١١ در آينده به عنوان آغازگاهِ زوال القاعده ياد خواهد شد. آغازي كه با انتخاب الظواهري و احتمالاً انشعاب برخي از زيرمجموعه هاي نيرومند القاعده رقم خورد.